合同期内员工自离处理工资问题时，可能存在以下法律风险点，需警惕并规避：
1. 公司超额扣薪的法律风险：例如员工自离导致公司临时找替代人员产生1000元费用，员工当月工资5000元，公司若扣除2000元（超过当月工资20%的1000元限制），员工可向劳动监察部门投诉，公司需返还超额扣除部分并承担赔偿责任。
2. 员工自离后维权超时的风险：劳动争议仲裁时效为1年，若员工自离后超过1年才主张工资，即使公司确实克扣工资，也可能因时效届满无法获得法律支持。
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合同期内员工自离处理工资问题时，存在一些特殊情况或例外情形，会对处理结果产生影响：
1. 员工因公司违法被迫自离：若公司未依法缴纳社保、拖欠工资，员工无需提前通知即可自离，此时不仅能获得全额工资，还可依据《劳动合同法》主张经济补偿金（按工作年限每满1年支付1个月工资），公司需额外承担补偿责任。
2. 员工自离造成公司重大损失：若员工自离导致公司核心项目停滞、客户流失等重大损失，且损失金额超过工资20%，公司可在扣除当月工资20%后，就剩余损失向员工另行追偿，员工需承担额外赔偿责任。
3. 员工未办理工作交接：若劳动合同约定“未交接工作不得结算工资”，员工自离未交接时，公司可暂缓支付工资，待交接完成后再结算，但不得以此为由永久克扣工资。
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针对合同期内员工自离的工资问题，《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》提供了明确法律依据。以下结合法规原文分析适用结论：
法律依据包括《中华人民共和国劳动法》（2018年修正）第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”及《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
适用分析：员工自离时，公司需先按劳动法第五十条支付已工作工资；若员工自离造成损失，可依据《工资支付暂行规定》第十六条扣除赔偿，但需遵守20%和最低工资的限制。若公司无损失，无权扣工资；若公司违法导致员工自离，还需额外支付经济补偿。
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关于合同期内员工自离是否有工资的问题，核心结论是员工有权获得已提供劳动对应的工资，但存在特殊情况需区分。以下为不同场景的详细说明：
合同期内员工自离仍有权获得已工作期间的工资。
1. 若员工仅擅自离职但未给公司造成经济损失：公司需全额支付其已工作天数的工资，不得克扣。
2. 若员工自离给公司造成明确经济损失：公司可按劳动合同约定或法律规定，从工资中扣除赔偿金额，但每月扣除部分不超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
3. 若公司存在未足额支付工资、未缴纳社保等违法行为导致员工被迫自离：员工不仅能获得全额工资，还可主张经济补偿金。

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